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Modelado y análisis molecular

Información

Este curso cubre las principales técnicas de simulación molecular que se aplican al estudio de la función y estructura de biomoléculas (proteínas-ligandos). Durante las sesiones se analizarán una variedad de métodos activamente usados en la investigación moderna. Por otra parte, se capacitará al estudiante en la elección y aplicación de diferentes técnicas y métodos computacionales para la obtención de resultados relevantes en diversas áreas como química, fisicoquímica, farmacología, biología, etc.

Curso dirigido a estudiantes licenciatura y posgrado con bases de física, química, biología molecular y áreas afines, que necesiten capacitarse en la teoría de la simulación y modelado molecular.

Temario

1. Introducción al modelado molecular 
   1.1 Definición de conceptos básicos


2. Relaciones estructura-propiedad


3. Metodologías de acoplado molecular
   3.1 Docking proteína-ligando
   3.2 Docking proteína-proteína


4. Bases de datos
    4.1 Genbank
    4.2 Uniprot
    4.3 Protein Data Bank


5. Identificación y elección del sitio blanco


6. Métodos de optimización para ligando 
    6.1 Minimización de la energía
    6.2 Método Hartree Fock
    6.3 Método del Funcional de la Densidad (DFT)
    6.4 Métodos semi-empíricos 

7. Predicción teórica de propiedades químico-biológicas para los ligandos


8. Interacciones biomoleculares y termodinámica
    8.1 Cálculo de propiedades  
    8.2 Cálculo de la energía de asociación
    8.3 Simulación de un complejo ligando-proteína 
   8.4 Métodos de simulación 


9. Visualizadores de estructuras
    9.1 Pymol
    9.2 VMD
    9.3 Chimera
    9.4 Autodock


10. Interpretación y análisis de resultados
 

Información adicional

  • Duración: 10 horas.

  • Fechas próximas: 12 y 13 de marzo del 2021.

  • Horario: Viernes de 17:00 a 20:00 y sábado de 8:00 a 15:00 horas.

  • Conocimientos mínimos: Química general, termodinámica, bioquímica,  grupos funcionales, conocimientos básicos de computación.

  • Programas a utilizar (no es necesario tenerlo instalado): Pymol, VMD, Autodock, Gaussian, Chimera.

  • Materiales requeridos: Computadora o laptop (de preferencia reciente).

  • Plataforma: Google Meet. Grabación de las sesiones en vivo.

  • Capacitador. Elmer Joel Millán Casarrubias, maestro en ciencias con especialidad en farmacología, candidato a doctorado en ciencias en la especialidad de nanociencias y nanotecnología.

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