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El diseño de nuevos fármacos, así como de la predicción de sus propiedades fisicoquímicas y parámetros farmacológicos son de gran importancia a nivel investigación e industrial en el área de la salud a causa de las distintas enfermedades con alto índice de mortalidad a nivel mundial. Es por ello, que en el curso se presenta la perspectiva general de la investigación y las diferentes aplicaciones de las técnicas de modelado molecular, sus conceptos principales, metodologías disponibles, herramientas gratuitas y una revisión general de las diferentes aplicaciones para el desarrollo de nuevos fármacos y el estudio de las interacciones entre ligando-macromolécula, macromolécula-macromolécula.
Curso dirigido a estudiantes de nivel licenciatura del área Químico-Biológicas, licenciatura en Farmacia, Química, Física, así como estudiantes de posgrado maestría y doctorado relacionados con el área.
Duracion: 10 horas en 4 días
Fechas: 18, 19, 25 y 26 de septiembre 2021.
Horarios: 5:00 PM a 7:30 PM (Hora CDMX).
Conocimientos mínimos: Química general, termodinámica, bioquímica, grupos funcionales, conocimientos básicos de computación.
Programas a utilizar (no es necesario tenerlo instalado): Pymol, VMD, Autodock, Gaussian, Chimera.
Materiales requeridos: PC o laptop, sistema operativo Windows de preferencia.
Plataforma: Google Meet. Grabación de las sesiones en vivo.
Capacitador: Elmer Joel Millán Casarrubias, Maestro en ciencias con especialidad en farmacología.
Candidato a doctorado en ciencias en la especialidad de nanociencias y nanotecnología.
Contenido del curso
1. Introducción al modelado molecular
1.1 Definición de conceptos básicos
2. Relaciones estructura-propiedad
3. Metodologías de acoplado molecular
3.1 Docking proteína-ligando
3.2 Docking proteína-proteína
4. Bases de datos
4.1 Genbank
4.2 Uniprot
4.3 Protein Data Bank
5. Identificación y elección del sitio blanco
6. Métodos de optimización para ligando
6.1 Minimización de la energía
6.2 Método Hartree Fock
6.3 Método del Funcional de la Densidad (DFT)
6.4 Métodos semi-empíricos
7. Predicción teórica de propiedades químico-biológicas para los ligandos
8. Interacciones biomoleculares y termodinámica
8.1 Cálculo de propiedades
8.2 Cálculo de la energía de asociación
8.3 Simulación de un complejo ligando-proteína
8.4 Métodos de simulación
9. Visualizadores de estructuras
9.1 Pymol
9.2 VMD
9.3 Chimera
9.4 Autodock
10. Interpretación y análisis de resultados