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Docking molecular y cribado virtual

Información del curso

En la actualidad el uso de herramientas bioinformáticas para la interpretación y manejo de los datos en las principales disciplinas como la biología, medicina, genómica, proteómica y química es de gran importancia. En este sentido, integración de los sistemas computacionales y las ciencias de la vida a través del manejo de bases de datos es uno de los principales objetivos de la bioinformática. Sus conocimientos le permitirán analizar secuencias de ADN y secuencias de proteínas, utilizando distintos tipos de algoritmos.

Curso dirigido a estudiantes de nivel licenciatura del área Químico-Biológicas (IBQ, QI, QFB, QBP, etc), licenciatura en Farmacia, Química, Física, así como estudiantes de posgrado maestría y doctorado e investigadores relacionados con el área.

Número de horas / días por semana: 10 horas / 2 días.

Fechas: 4 y 5 de junio de 2021.

Horario: viernes de 17:00 a 20:00 horas y sábado 8:00 a 15:00 horas.

Conocimientos mínimos: Niveles estructurales de las proteínas, relación ligando-enzima y ligando-receptor, computación básica 

Programas a utilizar (no es necesario tenerlo instalado): Autodock4, VINA, LigPlot, DiscoveryStudio, PoseView y Raccoon.

Materiales requeridos: Computadora con acceso a internet y sistema operativo Windows de preferencia.

Plataforma: Google Meet. Grabación de las sesiones en vivo.

Capacitador: Dr. Andrés Reyes Chaparro

Contenido del curso

1. Introducción al docking molecular 
   1.1 Definición de conceptos básicos


2. Bases de datos
   2.1 Protein Data Bank 
   2.2 PubChem
   2.3 ZINC


3. Identificación y elección del sitio blanco


4. Métodos de optimización para ligando y proteína

5. Docking molecular
5.1 Con Autodock4 y AutodockTools
5.2 Con VINA y Autodock Tools
5.3 Con VINA y bashscripting


6. Análisis de interacciones con LigPlot, DiscoveryStudio y PoseView


7. Cribado virtual introducción
7.1 Cribado con Autodock4 y Raccon
7.2 Cribado con VINA y bash scripting
7.3 Análisis de resultados


8. Obtención de imágenes de calidad para publicaciones y reportes 

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